Na de overname van het kamp kwamen er prikkeldraadomheiningen, zeven wachttorens en een compagnie SS-Wachbataillon. Deze militairen verrichtten tot begin 1943 de buitenbewaking van het kamp. De orde binnen het kamp werd bewaard door de Orde­dienst van de Joodse kamporganisatie en door Nederlandse marechaussees, die later ook de buitenbewaking deden.

'Het grootste gedeelte was goedgezind en mild... Marechaussees die er bars en streng uitzien, maar zachtmoedig zijn in hun optreden, blijk geven van deernis met de gevangen joden, van afkeer van de speciale functie die hun door een dwingende macht is opgelegd.' (Philip Mechanicus - In Dépôt) 

Wellicht was deze houding de reden voor hun vervanging door een compagnie van het Politiebataljon Amsterdam op 1 juni 1944. 

In de woorden van Abel J. Herzberg was Westerbork een ander woord voor de dag van het Laatste Oordeel. De organisatie van deze dag was sinds oktober 1942 in handen van SS-Ober­sturmführer Albert Konrad Gemmeker. Zijn voorgangers voldeden niet aan de eisen die de nazi's aan het functioneren van het kamp stelden. Zij wilden de Nederlandse Joden zo snel en geruisloos mogelijk deporteren. Het harde optreden van de eerste commandanten riep teveel weerstand en onrust in het kamp op. Gemmeker bleek beter bedreven in het vlekkeloos laten uitvoeren van de plannen. Hij stelde er een eer in het Durch­gangslager perfect te doen functioneren, zonder wrijving, zonder incidenten. Daarom in het kamp geen brullende en moor­dende SS-ers. Gemmeker kwam naar voren als een keurige heer, die de Joden correct behandelde.

In de dagelijkse gang van zaken greep deze 'absolute heerser' nauwelijks in. Zijn voornaamste zorg was het voldoen aan het wekelijks te leveren aantal Joden. De organisatie daartoe liet hij over aan gevangenen. Reeds in de tijd van het vluchtelin­genkamp was er een kamporganisatie opgezet door de Duitse Joden. Velen van hen hadden in Duitse concentratiekampen gezeten en wisten dat de omstandigheden in een kamp beter waren als men zelf de zaken zoveel mogelijk probeerde te regelen in plaats van het aan de nazi's over te laten. 

In de tijd van het doorgangskamp bleven zij de overhand houden in de kamporganisatie. Als 'vorst' binnen het kamp functioneerde Schlesinger. Hij was de eerste Dienstleiter omdat hij de leiding had over de belangrijkste Dienst: de administratie, waar de transportlijsten werden samengesteld.

Zolang de Joodse kampstaf zich hield aan het door Gemmeker doorgegeven aantal te deporteren mensen was zijn macht over de medegevangenen totaal. Hierdoor en door hun soms verkwistende en stuitende leefwijze waren de leiders weinig geliefd en veelal gehaat. Zij waren in staat anderen in bescherming te nemen.

'Ik had namelijk toch wel een grote invloed in Westerbork. Ik was 'prominent' geworden en ik kon daardoor mensen uit trans­porten houden, die ik eruit wilde houden, bijvoorbeeld familie van mij. Ik heb mijn schoonouders, die in april in Westerbork kwamen, zolang ik nog 'aan de macht was', om het maar zo te noemen, kunnen beschermen. Een neef van mij was in de O.D. en die kwam dan steeds op zondag of maandag naar mij toe en zei dan: "Elie, vader en moeder staan op de transportlijst, wat doen we?" Nou, dan zullen we ze maar in het ziekenhuis bren­gen," zei ik dan. Ik had weer invloed bij de ziekenhuisopname­arts, en via die vent werd dan de één in het ziekenhuis gelegd en dan was de ander ook "gesperrt".' (E.A. Cohen - De Afgrond)

Er was een grote mate van afstand tussen zij die een functie hadden en de massa. Men voelde dat zo en gedroeg zich dien­overeenkomstig: 'kamparistocratie' tegen 'transportmateriaal'.

Doordat het overwegend Duitse Joden waren die in de kamplei­ding zaten was de animositeit tussen Alte Lagerinsassen en Nederlandse gevangenen groot.

De kamporganisatie kende vele afdelingen. Er was een uitge­breide administratie, waar het bevolkingsregister van het kamp werd bijgehouden, waar de transportlijsten werden samenge­steld, waar de aanwezige woonruimte werd verdeeld. Er was een winkel, een kantine, een postkantoor. Er was een zeer uitge­breid ziekenhuis. De eigen kampboerderij leverde vlees, groen­te en aardappelen aan de centrale keuken. In de werkplaatsen werden onder meer schoenen, naaimachines, matrassen, kleding en borstels gemaakt. De kampbewoners haalden in de demontage­bedrijven vliegtuigwrakken, batterijen, kabels en apparaten uit elkaar.

Er was zelfs een Ordedienst: een kamppolitie die belast was met de bewaking van de binnen het kamp gelegen strafbarakken en toezicht moest houden op rust en orde. Als er transporten vertrokken moesten de leden van deze dienst meehelpen bij het "inladen" van de mensen. Dit verklaart de naam 'Joodse SS' die sommigen hen gaven.

Deze organisatie werkte voortreffelijk. Dankzij het op geraf­fineerde en doortrapte systeem van verdeel en heers waren er weinig nazi's nodig om de afvoer van Joden te regelen.

Velen hebben weinig weet gehad van deze organisatie. Na slechts enkele uren, dagen of weken in Westerbork werden ze doorgestuurd. Zij die langere tijd in Westerbork gevangen zaten kregen meer zicht op het dagelijks leven in het kamp. Een kamp waar het drinkwater slecht was, maar het voedsel over het algemeen redelijk goed. Hoewel enigszins eenzijdig samen­gesteld, waren de toewijzingen voldoende. Bovendien konden van buiten het kamp voedselpakketten worden ontvangen en was er een goedgevulde kantine en een nog beter bevoorraad Lagerwaren­haus. In deze Lawa kon men met speciaal kampgeld inkopen doen. Dit geld kreeg men bij inlevering van courant geld.

In tegenstelling tot het voedsel was de behuizing hoogst onvoldoende. Slechts enige honderden bevoorrechten - in het bezit van een functie - deelden huisjes met elkaar, terwijl alleen de dienstleiders een kleine woning voor zichzelf had­den. Bijna alle gevangenen werden ondergebracht in barakken, waarin mannen en vrouwen gescheiden van elkaar sliepen. De barakken stonden propvol met ledikanten, steeds drie boven elkaar.

'De grote, tenhemelschreiende nood van Westerbork begint eigenlijk pas in de kolossale, in der haast gebouwde barakken, in die volgepakte mensenloodsen van tochtig latwerk, waar onder een laaghangende hemel van het drogende wasgoed van honderden mensen de ijzeren britsen driehoog opgestapeld staan.(...) Op die britsen nu leeft men en sterft men, eet men, ligt men ziek of slapeloos, omdat er zoveel kinderen huilen door de nacht of omdat men zich steeds weer afvraagt, waarom er toch nauwelijks berichten komen van de vele duizen­den, die al van deze plek vertrokken zijn. Onder de bedden liggen koffers, aan de ijzeren spijlen hanen rugzakken, de enige bergruimte, die er is. Het meubilair bestaat verder uit ruwhouten tafels en smalle houten banken. Maar over de hygi­ënische toestand zal ik in mijn ingetogen relaas niet spreken, anders zou ik u enige onappetijtelijke ogenblikken moeten bezorgen. Door de grote ruimte verspreid staan een paar ka­chels, die net voldoende warmte verspreiden voor de oude vrouwtjes, die er in een kring omheen gedrongen zitten. Hoe men deze winter in die barakken moet leven, is ons nog niet al te duidelijk.' (Etty Hillesum - Twee brieven uit Westerbork)

In deze overvolle barakken was nergens een eigen plekje waar men zich kon terugtrekken. Altijd was er drukte en lawaai. Het leidde tot veel onderlinge irritaties. Vooral in tijden van razzia's waarin grote aantallen naar het kamp werden gestuurd was de toestand bijna onhoudbaar. Dit was onder andere het geval in begin oktober 1942.

'Zoals jullie allemaal weten kregen we begin October hier in het kamp ongeveer 17.000 joden uit geheel Nederland. Wat we toen hebben meegemaakt tart elke beschrijving. De mensen kwamen hier aan, opgejaagd als vee. Sommigen begraven onder hun bagage, anderen met helemaal niets bij hun, zelfs niet eens behoorlijk gekleed. Vrouwen die ziek van bed waren ge­haald in een dunne nachtpon gekleed. Kinderen in hansopjes op blote voeten, ouden van dagen, zieken, gebrekkigen, steeds maar door kwamen nieuwe mensen in het kamp.' (J. Cahen - Ergens in Nederland)

Voor vele gevangenen was er, met name van 1943, werk: in de keuken, in de zieken­barakken, maar ook in werkplaatsen of bedrijfjes. Er was o.a. een lompensorteerderij, een naai- en schoenenatelier, een werkplaats voor bewerking van afval (b.v. batterijen) en een bedrijfje voor metaalsloperij (van vliegtuigen). Ook werd er - onder toezicht van Nederlandse marechaussees - gewerkt op boerderijen in de omgeving van het kamp of op de eigen kamp­boerderij. Men werkte veelal van 7 - 12 uur en van 2 - 7 uur. Tussen de middag werd bij de centrale keuken eten gehaald en na 7 uur 's avonds weer. 's Avonds en zondags was men 'vrij'. Een vrijheid die veelal bestond uit doelloos rondlopen, einde­loze gesprekken voeren over het verleden en speculeren op wat de toekomst brengen zou, maar ook uit pogingen ondernemen vrijgesteld te worden van transport. Maar er was ook ontspan­ning: muziek, ballet, toneel, cabaret en sportwedstrijden.

Kleine kinderen werden overdag in één van de barakken in een crèche beziggehouden. Oudere kinderen, van 6 - 15 jaar, moes­ten naar school.

'Toch zijn er heerlijke ogenblikken, vooral als er verteld wordt voor de hele school of samen gezongen wordt door alle kinderen. Maar soms zijn er heel weinig meesters en juffrou­wen: na dinsdag. Dan zie je ze nooit meer en dan moet de school weer heel anders verdeeld worden of helemaal samengeno­men. Nou ja, maar er zijn dan meestal ook veel minder kinde­ren, na zo'n dinsdag ...' (Clara Asscher-Pinkhof - Sterrekinderen)

In het begin was er één schooltje in het kamp, later kwam er nog één bij. Eén van de kinderen die niet naar deze kampschool is geweest, was Anne Frank.

In augustus 1944 werd Anne met de andere onderduikers na verraad en ontdekking overgebracht naar het kamp Westerbork. In Westerbork behoorde de familie Frank, omdat zij door onder te duiken de Duitse regels overtreden hadden, tot de strafge­vallen. Dit hield in dat zij met de overige strafgevallen in de strafbarak werden ondergebracht. Een gevangenis in een gevangenis. Zij kwamen ook als eersten in aanmerking om op transport gesteld te worden. Dat gebeurde op 3 september toen de familie Frank naar Auschwitz werd overgebracht. In december 1944 werden Anne en haar zusje van daaruit naar Bergen-Belsen gevoerd. Daar bezweken beiden door ziekte en uitputting, in februari / maart 1945.